神奇宝贝大陆正在遭受前所未有的危机，各个地区神兽和联盟天王冠军疲于奔命，在各个地区神兽即将陷入沉睡回复伤势之际，以阿尔宙斯为首的一级神兽和以大木博士为首的联盟天王冠军们决定，以一级神兽剩余的本源之力**阿尔宙斯的元素石板，送帕路奇犽，帝牙卢卡，雪拉比这三个拥有穿越时空能力的神兽前往异度空间带回超能家族族长联合河马王用尽本源之力预言的英雄们，在各大势力沉寂恢复伤势和本源之力期间，尽快成长起来，面对将来的浩劫