1898年4月美西空战后，阿瑟·麦克阿瑟被提升为准将。从此，他时来运转，渐入佳境。他坚信，战争一定会成为自己一展身手、建功立业的绝好时机。

果然，随着奥蒂斯的去职，局势日益恶化、不可收拾之际，麦克阿瑟自然而然地登上了驻菲美军司令官的宝座。他一上台，便采取了与奥蒂斯截然不同的战略，这一战略的核心就是采取“更为强硬的政策”来对付游击队。

为了挽回面子，美军司令部自欺欺人地向报界解释说，美军所以打败仗是由于那天天气太热的缘故。言外之意是说击败美军的不是菲律宾人，而是那令人生畏的热带雨林气候。

其实，奥蒂斯心里比谁都清楚，不抓住阿吉纳尔多本人，要结束这场战争只能是一句空话。于是，他又拼命向华盛顿要求增援。11月初，当又一批援军开到后，奥蒂斯立刻把全军兵分3路，向吕宋平原上的阿吉纳尔多军队主力发动了大举进攻。经过数场激战，美国人俘虏了菲律宾政府的许多重要官员，阿吉纳尔多被迫退入吕宋岛北部山区。紧接着，奥蒂斯又向甲米地省和内湖地区发动了第二次突击，重创了阿吉纳尔多手下一位杰出的将领—特里亚斯所部，并一举占领了吕宋群岛的所有岛屿。这下子，奥蒂斯又趾高气扬起来，他向华盛顿报告说：“我们将不会再遇到有组织的暴动，只剩下一些残匪了。”

“这是美国军事史上从来不曾有过的事，整个师被击溃了。”

在此期间，他勤奋读书，获得了法律博士学位。之后，他被提升为中校，并到得克萨斯州的休斯敦任职4年。1897年，他已52岁，被派往明尼苏达州的圣保罗。要不是美西战争爆发，他很可能会在那里平平静静、默默无闻地度完他的军旅生涯。

如此一来，美军便日益陷入游击作战的泥潭之中，久久不能自拔。1900年，当麦克阿瑟接替奥蒂斯任司令时，他向华盛顿作了如下报告：在整个列岛的每一个岛上都有叛军。他们无疑都受到了当地居民的支持。换句话说，各城镇虽然名义上由美国占领和管理，但实际上却是叛军的基地，这不仅是从它们为游击队供应物资这个意义上来说的，而且也为游击队提供了避难之所。现在菲军的最高战术就是：受美军进逼时立即解散，避入附近城镇。这一点他们是很成功的，因为人民支持他们，又因为他们一旦混入居民中，谁也不知道他到底是游击队还是平民。这个独特的作战方式之所以成功当然是由于全国人民的团结一致。这种团结是一个事实，是毋庸置疑的。

这位麦克阿瑟正是在第二次世界大战中叱咤风云的美国陆军五星上将道格拉斯·麦克阿瑟的父亲。在美军历史上，先后有两个“子承父业”的名将世家，一个是亨利·李和罗伯特·李，另一个就是阿瑟·麦克阿瑟与道格拉斯·麦克阿瑟。

战后他被遣散复员，一年之后，他又重新穿上军服，进入正规部队，领上尉军衔，辗转过许多地方，多数是驻扎在艰苦的西部地区，征讨印第安人。

1889年，他被提升为少校，到首都华盛顿陆军司令部服务4年。

阿瑟·麦克阿瑟，1845年出生在马萨诸塞州的奇科比。17岁时，他参加了第24威斯康星州志愿步兵团的密尔沃基分队。南北战争中，他作战勇敢，多次负伤，曾荣获美国的最高奖赏—荣誉勋章，并于19岁这年晋升上校军衔，成为联邦军队中最年轻的上校。

6月10日，菲军又在拉斯比尼亚打了一个漂亮的胜仗，击溃了敌人一个师。美军上尉萨克斯登在其日记中沮丧地写道：

但是，奥蒂斯不久便痛苦地意识到：自己又一次错误地估计了形势。战争并没有结束，而是进入了一个全新的阶段。

原来，阿吉纳尔多和他信赖的助手特里亚斯从失败中汲取了教训，及时调整了战略战术。他们宣布解散正规军，一切正规军都改为游击队，全国分为若干游击区，每区设司令员1人，普遍采取化整为零、各自为战、机动灵活、打了就跑的战术。同时，他们还深入到农村建立起秘密政权，发动群众挫败占领军当局实施的形形色色的“怀柔政策”。